制药工程专业于2010年经陕西省教育厅批准设置并开始招生，是学校“特色专业”。本专业旨在培养德、智、体、美、劳全面发展，具备化学、药学和工程学等多学科交叉的科学基础，系统掌握现代制药工程基本理论知识，具备分析、解决复杂工程问题的能力及创新创业能力，能够在制药及其相关领域从事科学研究、技术开发、分析检测、工艺与工程设计、生产组织、管理与服务等方面工作的高素质应用型人才。

本专业现有专任教师17人，其中教授3人、副教授6人，博士13人，硕士研究生导师4人，“双师型”教师占比53%，2名教师分别入选陕西省“特支计划”区域人才和“三秦英才特殊支持计划”区域科技创新人才，1名教师入选“陕西省教学指导委员会药学类委员”。有省级“秦岭特色生物资源研发关键技术创新团队”1个、陕西省“科学家+工程师”队伍1个。承担国家和省、市、校各级各类科研项目72项。获市（厅）级以上科技奖8项，发表SCI论文35篇，国家发明专利授权5项。

本专业获批省级“课程思政示范课程和教学团队”1个，省级一流课程2门，省级“高校创新创业教育在线开放课程”1门。获批省级“中药资源实验教学示范中心”和“商洛大宗中药材规范化种植及品质提升重点研究室”。现有陕西省“四主体一联合”校企合作新型研发平台1个、省级工程中心1个、陕西省研究生联合培养示范工作站1个、院士专家工作站1个、市级工程中心1个、校企合作博士工作站2个、校外实习试验基地9个、专业基础实验室10个、检测平台1个。

本专业聚焦商洛地区丰富的中药资源禀赋，立足行业，面向地方，深入开展科学研究和社会服务工作。与企业合作研发杜仲保健酒、系列中药皮肤保养品、牡丹籽油—深海鱼油复合微囊、连翘口鼻纳米防护用品，取得了良好的社会效益和经济效益。与陕西盘龙药业集团股份有限公司组建商洛学院·盘龙产业学院、盘龙健康医药工程技术中心，为加快医药产业振兴和地方社会经济发展做出了积极贡献。

本专业以培养具有创新精神和实践能力的高素质专业人才为目标，学生近年来获得国家级、省级大学生创新创业项目和学科竞赛项目64项，考研上线率连年保持在26%以上，涌现出一大批优秀学子。