现代农业与生物工程学院前身为1984年成立的商洛师范专科学校农学系，2004年设立生物医药工程系。2006年随学校升本更名商洛学院生物医药工程系，2014年3月组建成立生物医药与食品工程学院，2026年5月组建成立现代农业与生物工程学院。2017年获批省级“创新创业教育改革试点学院”和陕西省研究生联合培养示范工作站。学院下设生命科学系、食品科学系、制药工程系、园林系、粮食工程系、实验教学中心6个基层教学组织，开设生物技术（陕西省“一流专业”）、食品科学与工程、制药工程、园林、粮食工程、食品卫生与营养6个本科专业，有全日制在校学生千余人。