生物医药与食品工程学院下设生命科学系、食品科学系、制药工程系和园林系4个教学系，生物学实验中心、食品工程实验中心、中药资源实验中心、园林实验中心和秦岭植物标本陈列室5个教辅机构，以及陕西省商洛市GAP工程技术研究中心和秦岭植物良种繁育中心2个研究机构。目前开设生物技术、食品科学与工程、制药工程、园林和粮食工程5个本科专业。

为全面培养和提高学院学生素质和技能水平，学院成立了生物学实验中心、食品工程实验中心、中药资源实验中心、园林实验中心。中心发展以提高人才培养质量为目标，不断优化实验教学内容，完善实验教学方法，有效促进学生对现代食品科学的基本原理、基本方法、基本技能的掌握，培养了学生产品生产开发及品质安全控制等实践应用能力。生物学实验中心下设植物学实验室、动物学实验室、分子生物学实验室、植物生理实验室、生物化学实验室、细胞工程实验室、微生物学实验室等7个功能实验室，还包括作物育种室、组织培养室和成像分析室3个辅助实验室，外部环境配套包括动物房1间。食品工程实验中心目前包含食品质量与安全检测室（理化室）、食品质量与安全检测室（微生物室）、畜产加工实验室、粮油加工实验室、果蔬加工实验室、发酵工程实验室和生物资源利用实验室共7个功能实验室。中心拥有离子色谱仪、全自动凯氏定氮仪、多功能农药残留快速测定仪、二氧化碳培养箱、超声波细胞粉碎机等分析检测仪器，高压均质机、真空冷冻干燥机、全自动发酵罐、食品烘干设备微波实验炉、全自动真空滚揉机、分层烤炉、冰淇淋凝冻机、全自动液体包装机等食品加工的单元操作等设备。中药资源实验中心下设中药炮制实验室、天然产物化学实验室、制剂实验室、制药工艺与模具实验室、药理实验室和药物分析实验、中试提取实验室及动物房等8个功能实验室。拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、傅立叶红外光谱仪、喷雾干燥机、中试提取流水线等仪器设备200余台件。园林实验中心下设组织培养实验室、园林制图实验室（素描室）、园林制图实验室（机房）、园林绘图实验室等4个功能实验室。实验中心仪器设备先进，科研力量雄厚，承担着生物医药与食品工程学院各专业、各层次的实验教学和科研任务。

为进一步凝练学科研究方向，充分整合学院优势资源，更好地促进学院教学与科研高质量发展，本学院成立了秦岭植物良种繁育、商药资源及药用新材料开发、秦岭特色药用植物次生代谢与抚育开发、园艺植物种质创新与应用、中药材病虫害综合防控技术开发及绿色食品资源开发等6个科研实验室，力争在科研成果、课题申报等方面取得更大突破。